Durch Aufstellungsbefehl Nr. 101 - Marine - vom 9. Dezember 1960 wurde zum 2. Januar 1961 das Uboots- und Taucherphysiologische Institut der Marine (UTPIM) in Kiel aufgestellt. Die zunehmenden Aufgaben machten bald eine Verlegung des Instituts von der Unterbringung im Sanitätsbereich der Technischen Marineschule I in der Kieler Arkonastraße 1 notwendig. Auf dem Gelände des ehemaligen Marinelazaretts in Kiel-Kronshagen in der Kopperpahler Allee 120 ist das Institut nunmehr seit August 1961 untergebracht.
Am 1. Mai 1965 wurde das UTPIM in Schifffahrtmedizinisches Institut der Marine (SchiffMedInstM) umbenannt. Seit der Umgliederung des Marineamtes ab 1. Oktober 1973 war das SchiffMedInstM dem Amtschef des Marineamts truppendienstlich und fachlich dem Admiralarzt der Marine nachgeordnet.